Ufundował je w 1163 roku śląski książę Bolesław Wysoki. Przed cystersami w Lubiążu byli benedyktyni, którzy zbudowali kościół świętego Jakuba. Opuścili jednak osadę jeszcze przed nastaniem nowych mnichów. Cystersi przywieźli ze sobą z saksońskiej Pforty, umiejętność wypalania cegły i wznoszenia z niej budowli. Zaszczepienie tego na śląskim gruncie wpłynęło na rewolucje w budownictwie całego regionu.
Klasztor i kościół, spalone w czasie wojen husyckich, dość szybko odbudowano. Późniejsze losy opactwa, czyli utrata znaczenia w okresie reformacji, zniszczenia w latach wojny trzydziestoletniej, czy sekularyzacja odcisnęły trwałe piętno na opactwie, nie były jednak w stanie zamazać jego charakteru. Klasztor wyszedł z II wojny światowej okropnie okaleczony, wieloletnia odbudowa, choć święcąca pewne sukcesy, wciąż nie pozwoliła na przywrócenie budowli dawnego blasku.
Opactwo w Lubiążu, stało się zgodnie z intencją pierwszego fundatora, nekropolią wielu pokoleń śląskich Piastów. Obecnie są tam szczątki 98 osób.
